【요 지】 세법은 임원과 직원을 구분하고 그 구분에 따라 인건비의 손금산입에 차이를 두어 임원에 대해 한도를 초과하여 지급한 퇴직급여를 손금에 산입하지 않도록 하는 한편, 그 한도를 초과하는 퇴직급여를 근로소득으로 보아 과세하도록 규정하고 있다. 이는 임원에 대한 퇴직급여 지급의 자의성을 배제하고 적정한 과세의 실현을 도모하기 위한 것으로, 구 법인세법 시행령 제44조제4항제2호는 임원의 퇴직소득에 대해 급여에 비례한 한도를 설정함으로써 과다한 퇴직금 적립·지급에 따라 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하려는 데 그 취지가 있다. 한편, 구 법인세법 시행령 제20조제1항제4호는 상법상의 임원의 개념과 달리 실질적으로 법인 등의 경영에 종사하는 사람을 포괄적으로 임원에 포함하고 있다. 위와 같은 관련 규정의 문언내용과 취지 등에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제44조제4항의 적용대상인 퇴직급여를 지급받은 법인의 ‘임원’인지 여부는 법인의 경영에 참여하여 경영전반의 의사결정과 집행에 적극적으로 참여하거나 회계와 업무에 관한 감독권을 행사하는지 등에 따라 실질적으로 파악하여야 할 것이고, 법인등기부에는 등재되지 않더라도 임원에 준하는 직무에 종사하는 이른바 미등기임원에 해당한다면 그에 대해 손금산입 한도액을 초과하여 지급한 퇴직급여는 법인세법 제26조제1호, 구 법인세법 시행령 제44조제4항제2호에 따라 손금에 산입되지 않는다고 할 것이다.
   [법인의 임원이 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받은 퇴직급여라 하더라도 구 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제44조제4항제2호에서 정한 퇴직급여 손금산입한도를 초과하는 금액은 소득세법 제20조제1항제4호, 제3항 및 소득세법 시행령 제38조제1항제13호에 따라 근로소득으로 과세되어야 한다고 본 판결]
    
   * 서울행정법원 제2부 판결
   * 사 건 : 2021구합50574 종합소득세경정거부처분취소
   * 원 고 :
   * 피 고 : 성동세무서장
   * 변론종결 : 2021.09.30.
   * 판결선고 : 2021.10.12.
    
   【주 문】 1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
   2. 소송비용은 원고가 부담한다.
    
   【청구취지】 피고가 2019.8.2. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 135,963,248원, 2018년 귀속 종합소득세 19,399,115원의 경정거부처분을 모두 취소한다.
    
   【이 유】 1.  처분의 경위
    
   가. 원고는 2010.4.1. 주식회사 ☆☆☆☆(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)에 ‘상무’로 입사하였고 2013.10.1. ‘전무’로 승진하였다가 2017.12.26. 퇴사하였다.
   나. 이 사건 회사는 원고에게 2017.3.31. 중간정산 퇴직금 135,496,730원을 지급하고, 2017.12.26. 퇴사에 따른 퇴직급여 378,813,540원을 지급하면서 구 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조제4항제2호에 따른 임원 퇴직급여 손금산입 한도액인 15,984,285원을 퇴직소득으로, 나머지 362,829,255원(이하 ‘이 사건 ①소득’이라 한다)을 근로소득으로 원천징수하였다. 또한 이 사건 회사는 2019.4.8. 원고에게 66,180,540원(이하 ‘이 사건 ②소득’이라 하고, 이 사건 ①소득과 통틀어 ‘이 사건 각 소득’이라 한다)을 지급하면서 이를 근로소득으로 원천징수하였다.
   다. 원고는 이 사건 각 소득을 근로소득에 포함하여 2018.6.15. 2017년 귀속 종합소득세 신고 및 2019.5.31. 2018년 귀속 종합소득세 신고를 각각 하였다.
   라. 원고는 2019.6.4. 피고에게 이 사건 각 소득을 퇴직소득으로 보아야 한다고 주장하며 2017년 귀속 종합소득세 135,963,248원 및 2018년 귀속 종합소득세 19,399,115원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2019.8.2. 이 사건 각 소득이 소득세법 제20조 및 같은 법 시행령 제38조에 따른 근로소득에 해당한다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
   마. 원고는 이에 불복하여 2019.11.14. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2020.11.18. 기각되었다.
    
   2.  처분의 적법 여부
    
   가. 원고의 주장 요지
   1) 이 사건 회사는 원고의 퇴직금 산정 및 지급내역의 퇴직위로금 항목으로 이 사건 ①소득을 기재하였고, 이 사건 ②소득은 원고의 퇴직을 전제로 작성한 퇴직합의서에 기하여 지급받은 것이므로, 이 사건 각 소득은 모두 원고의 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받은 것으로 소득세법 제22조제1항제2호의 퇴직소득에 해당한다.
   2) 소득세법 제22조제3항 단서, 구 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제42조의2 제5항은 구 법인세법 시행령 제20조제1항제4호의 ‘임원’의 퇴직소득금액에 대해 법정금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 근로소득으로 규정하고 있으나, 원고는 주주총회에서 이사로 선임되거나 이사로 등기된 바 없고 이사회의 의사결정에 참여하지 않았으며 경영지원본부 산하의 법무실장에 불과하여 구 법인세법 시행령 제20조제1항제4호의 ‘임원’이 아니므로, 이 사건 각 소득 중 위 규정에 따른 법정금액을 초과하는 금액도 근로소득에 해당하지 않는다.
   3) 따라서 이 사건 각 소득은 종합소득에 합산되는 근로소득과 구분되는 퇴직소득에 해당하므로, 이와 달리 이 사건 각 소득금액이 근로소득이라는 전제에서 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하다.
    
   나. 인정사실
   앞서 든 증거들에 갑 제9 내지 11, 13, 14, 18호증, 을 제5 내지 11, 13, 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.
   1) 이 사건 회사는 ‘영업/일반직’에 대해 주임, 대리, 과장, 차장, 부장을 사원으로, 그 상위 직급인 상무, 전무, 본부장, 사장을 임원으로 하는 승진제도를 두고 있다. 원고는 이 사건 회사의 재직기간 동안 2010.4.1.부터 2013.9.30.까지 ‘상무’ 직급을, 2013.10.1.부터 2017.12.26.까지 ‘전무’ 직급을 부여받았고, 2014.5.23.부터 2016.1.31.까지 법무실 실장(2015.10.5.부터 정보보안팀 팀장 겸직), 2016.2.1.부터 2017.2.28.까지 준법지원실 실장(법무실 실장 겸직, 2016.5.17.부터 리스크매니지먼트팀 팀장 겸직), 2017.3.1.부터 2017.11.22.까지 법무실 실장으로 근무하였다.
   2) 원고의 재직 당시 작성된 이 사건 회사의 조직도는 아래와 같다. <조직도 생략>
   3) 원고가 퇴사한 2017.12.26. 당시 이 사건 회사는 ○○○○○ 주식회사가 그 주식 전부를 보유한 종속회사로서, 등기임원으로 사내이사인 중화인민공화국인 ▷▷▷▷, 미합중국인 ◎◎◎◎◎, 감사 아일랜드국인 ◇◇◇◇ 외에 대표이사 ◁◁◁과 사외이사들이 있었고, 원고는 이 사건 회사의 등기이사나 감사로 등재된 바 없다.
   4) 원고는 결제 금액 5,000만 원 미만인 경우 신청부서의 실장이 최종 승인하도록 한 이 사건 회사의 전결규정에 따라, 2017년 3월경 부동산가압류 및 채권가압류 신청 사건의 소송대리인에 대한 선급금 46,650,560원의 지급 승인요청 건을 최종 승인하였다.
   5) 이 사건 회사는 등기임원과 미등기임원에 대해 동일한 임원보수지급규정을 적용하여 왔고, 위 규정은 회사의 경영환경 및 경영성과, 업무실적 및 능력, 동종·동급 기업의 수준 등을 고려하여 임원의 보수를 결정한다고 정하고 있다(제3조제1항). 원고는 위 임원보수지급규정에 따른 보수 및 직책수당을 지급받았는데, 이 사건 회사 재직 중 수령한 급여 총액(퇴직금액 및 이 사건 각 소득금액 제외)은 아래 표 기재와 같다. <표 생략>
   6) 원고는 재직 기간 동안 이 사건 회사로부터 임원에게 주어지는 아래와 같은 복지혜택을 제공받았다. <표 생략>
   7) 원고는 퇴사일 무렵 이 사건 회사와 사이에 퇴직합의서(이하 ‘이 사건 퇴직합의서’라 한다)를 작성하였는데, 그 내용 중 이 사건과 관련된 부분은 아래와 같다.
   *****
   1. 원고는 본인의 자발적 의사에 따라 2017년 12월 26일부로 사직한다.
   2. 위 1항의 사직처리와 관련하여 회사는 원고에게 퇴직위로금(364,422,720원, 세전)을 퇴직일 이후 2018년 1월 마지막 주에 1/2, 그리고 2018년 4월 마지막 주에 나머지 1/2을 지급한다. 그리고, 법정퇴직금은 2018년 1월 중 지급하기로 한다. 또한, 2017년 성과에 대한 보너스 금액이 2018년에 확정될 경우 회사는 이를 지급일에 맞춰 지급하기로 한다. 아울러, 회사 매각과 관련하여 임직원들에게 M&A 보너스를 지급할 경우 원고에게 통보를 하고 이를 지급하기로 한다. (이하 생략)
   *****
   8) 이 사건 회사는 원고의 퇴직금 중간정산 후의 계속근로기간(270일)에 대한 퇴직금 14,390,820원(= 19,454,247원 × 270일/365일)과 이 사건 퇴직합의서 기재 퇴직위로금 364,420,720원을 더하여 원고에 대한 퇴직급여 지급액 378,813,540원을 산정한 다음, 구 법인세법 시행령 제44조제4항제2호에 따른 임원 퇴직급여 손금산입 한도액 15,984,285원(= 239,764,280원 × 10% × 8개월/12개월, 원 미만 버림)을 초과하는 금액인 이 사건 ①소득 362,829,255원(= 378,813,540원 – 15,984,285원)을 손금불산입하고, 위 15,984,285원을 2017년 귀속 퇴직소득으로, 이 사건 ①소득을 2017년 귀속 근로소득으로 보아 각각의 세율에 따른 소득세 등을 원천징수한 후 원고에게 원천징수세액을 공제한 나머지 금액을 지급하였다.
   9) 이 사건 ②소득은 이 사건 퇴직합의서에 따라 원고가 퇴사한 후 지급받기로 한 ‘2017년 성과에 대한 보너스’ 및 ‘M&A 보너스’로서, 이 사건 회사는 이 사건 퇴직합의서에 따라 2019.4.8. 원고에게 이 사건 ②소득을 지급하면서 이를 2018년 귀속 근로소득으로 보아 소득세 등을 원천징수하였다.
    
   다. 판단
   1) 쟁점의 정리
   가) 원고는 이 사건 각 소득이 소득세법 제22조제1항제2호에 따른 퇴직소득에 해당하고, 구 법인세법 시행령 제20조제1항제4호의 ‘임원’이 아니어서 임원의 퇴직소득금액 중 법정금액을 초과하는 금액을 근로소득으로 간주하는 소득세법 제22조제3항 단서가 적용되지 않는다는 이유로, 이 사건 각 소득이 근로소득이라는 전제에서 이루어진 이 사건 거부처분이 위법하다고 주장한다.
   나) 그런데 위에서 인정한 바와 같이 이 사건 회사는 소득세법 제22조제3항 단서에서 정한 임원 퇴직소득금액 한도액이 아니라 구 법인세법 시행령 제44조제4항제2호에서 정한 임원 퇴직급여 손금산입 한도액을 초과한다는 이유에서 소득세법 제20조제3항, 구 소득세법 시행령 제38조제1항제13호에 따라 이 사건 ①소득을 근로소득으로 원천징수하였고, 이 사건 거부처분도 소득세법 제20조 및 구 소득세법 시행령 제38조에 따라 이 사건 각 소득을 근로소득으로 보아야 한다는 이유로 원고의 경정청구를 거부한 것이다.
   다) 따라서 이 사건 거부처분의 위법 여부는 원고가 구 법인세법 시행령 제44조제4항제2호의 ‘임원’에 해당하는지, 만일 원고가 이 사건 회사의 임원에 해당한다면 이 사건 각 소득을 근로소득으로 보아 과세하여야 하는지에 따라 판단하여야 할 것이다. 이하에서는 위와 같이 정리한 쟁점을 순서대로 살펴본다.
   2) 원고가 구 법인세법 시행령 제44조제4항제2호의 ‘임원’에 해당하는지 여부
   가) 소득세법 제20조제3항은 근로소득의 범위 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고, 구 소득세법 시행령 제38조제1항제13호는 근로소득에 포함되는 것으로 ‘법인세법 시행령 제44조제4항에 따라 손금에 산입되지 아니하고 지급받는 퇴직급여’를 규정하고 있다. 법인세법 제26조는 ‘다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.’라고 규정하면서 제1호에서 ‘인건비’를 들고 있고, 그 위임에 의한 구 법인세법 시행령 제44조제4항제2호는 ‘법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 시행령 제20조제1항제4호는 ‘임원’에 해당하는 자로서 ‘법인의 회장, 사장, 부사장, 이사장, 대표이사, 전무이사 및 상무이사 등 이사회의 구성원 전원과 청산인’(가목), ‘합명회사, 합자회사 및 유한회사의 업무집행사원 또는 이사’(나목), ‘유한책임회사의 업무집행자’(다목), ‘감사’(라목), ‘그 밖에 가목부터 라목까지의 규정에 준하는 직무에 종사하는 자’(마목)를 들고 있다.
   나) 위와 같이 세법은 임원과 직원을 구분하고 그 구분에 따라 인건비의 손금산입에 차이를 두어 임원에 대해 한도를 초과하여 지급한 퇴직급여를 손금에 산입하지 않도록 하는 한편, 그 한도를 초과하는 퇴직급여를 근로소득으로 보아 과세하도록 규정하고 있다. 이는 임원에 대한 퇴직급여 지급의 자의성을 배제하고 적정한 과세의 실현을 도모하기 위한 것으로, 구 법인세법 시행령 제44조제4항제2호는 임원의 퇴직소득에 대해 급여에 비례한 한도를 설정함으로써 과다한 퇴직금 적립·지급에 따라 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하려는 데 그 취지가 있다. 한편, 구 법인세법 시행령 제20조제1항제4호는 상법상의 임원의 개념과 달리 실질적으로 법인 등의 경영에 종사하는 사람을 포괄적으로 임원에 포함하고 있다. 위와 같은 관련 규정의 문언내용과 취지 등에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제44조제4항의 적용대상인 퇴직급여를 지급받은 법인의 ‘임원’인지 여부는 법인의 경영에 참여하여 경영전반의 의사결정과 집행에 적극적으로 참여하거나 회계와 업무에 관한 감독권을 행사하는지 등에 따라 실질적으로 파악하여야 할 것이고, 법인등기부에는 등재되지 않더라도 임원에 준하는 직무에 종사하는 이른바 미등기임원에 해당한다면 그에 대해 손금산입 한도액을 초과하여 지급한 퇴직급여는 법인세법 제26조제1호, 구 법인세법 시행령 제44조제4항제2호에 따라 손금에 산입되지 않는다고 할 것이다.
   다) 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고는 법인등기부에 등재된 이사에 준하는 직무에 종사하는 자로서 구 법인세법 시행령 제44조제4항제2호의 ‘임원’에 해당한다고 봄이 타당하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
   (1) 일반적으로 ‘상무’나 ‘전무’는 회사의 업무를 분장하여 집행하는 임원인 이사의 직급을 지칭한다. 이 사건 회사 또한 ‘상무’ 이상의 직급을 임원으로 분류하였는데, 원고의 인사카드에는 그 직급이 ‘전무/E03’으로 기재되어 있고, 이 사건 회사의 조직도에도 법무실 업무를 총괄하는 전무로 기재되어 있다. 이와 같이 원고는 이 사건 회사의 재직기간 동안 상무이사 또는 전무이사의 직급에 있었다.
   (2) 원고는 2014.5.23. 이후 퇴사 무렵까지 이 사건 회사의 ‘법무실 실장’으로 근무하였다. 이 사건 회사의 법무실은 조직체계상 경영지원본부 산하에 속하여 있으나, 법률 자문, 소송이나 클레임 등의 분쟁해결 지원과 같은 법무 관련 업무의 내용이나 성격에 비추어 원고가 대표이사 또는 경영지원본부장의 구체적인 지휘·감독 아래 업무를 처리하였다고 보기 어렵다. 오히려 원고는 법무 관련 업무의 부서장으로 법무실에 소속된 송무팀, 자문팀, 보험팀의 업무를 총괄하여 왔으므로, 이 사건 회사로부터 그 경영에 속하는 특정한 업무 사항을 위임받아 자신의 책임 하에 수행하여 왔다고 볼 수 있다. 원고가 제출한 업무 관련 메일은 법무실 실장으로서 수행하여 온 업무 전반에 대한 것으로 보기 어렵고, 해당 메일의 내용 또한 이 사건 회사가 속한 그룹 본사에 원고가 수행한 업무를 통지하는 ‘Weekly Report’(갑 제15호증) 또는 법률 자문 요청과 그에 대한 회신(갑 제16, 17호증) 등으로서, 원고는 일반 사원과는 구별되는 지위에서 해당 업무를 독립적으로 수행하여 온 것으로 보인다. 따라서 원고는 이 사건 회사의 경영에 관한 의사를 결정하고 그 성과에 대한 책임을 지는 지위에 있었다고 할 것이다.
   (3) 이 사건 회사의 조직도에 나타나는 사람들 중