통상 산재보험으로 지급되는 급여는 근로자가 입은 재해를 충분하게 보상하지 못하므로, 산재보험급여와 따로 사용자(회사)를 상대로 민사상 불법행위 등을 이유로 손해배상을 청구할 수 있다. 이때 산재보험에서 지급된 급여의 각 항목과 겹치는 부분은 배상에서 공제된다. 민사소송을 하기 전에 노동력 상실률이 어느 정도인지, 근로자의 과실은 어느 정도인지를 고려해서 손해배상액을 산정해 볼 필요가 있다.
그러나 근로자의 과실률이 많은 경우에는 소송의 번거로움, 변호사 비용 등 소송비용 등을 고려하여 사업주와 합의를 할 수도 있다. 사업주가 손해배상을 하지 않는 경우에는 소송을 통해 해결할 수밖에 없는데, 소송을 제기하면 재판에 들어가기 전에 조정절차를 거치므로, 이때 판사의 조정안을 받아들이는 것이 효율적인 경우도 있다. 산재처리를 하기 전 또는 산재치료를 하는 동안 당사자간에 손해배상에 대한 합의를 할 수도 있는데, 이때 합의서에 합의금액이 산재보상금만을 포함하는지 또는 산재보상 이외에 민사배상까지 포함하는 지를 분명히 명시하여야 한다.