고용노동부장관은 체당금지급에 소요되는 비용을 충당하기 위하여 사업주로부터 부담금을 징수한다(?임금채권보장법? 제9조). 사업주가 부담하여야 하는 부담금은 그 사업에 종사하는 근로자의 보수총액에 1천분의 2의 범위에서 위원회의 심의를 거쳐 고용노동부장관이 정하는 부담금비율을 곱하여 산정한 금액으로 한다. 보수총액을 결정하기 곤란한 경우에는 ?고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률? 제13조제6항에 따라 고시하는 노무비율(勞務比率)에 따라 보수총액을 결정한다. 도급사업의 일괄적용에 관한 ?고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률? 제9조는 부담금 징수에 관하여 준용한다.
사업주 부담금은 ?고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률?에 따라 근로복지공단이 산재보험료에 통합하여 징수하고 있으며, 통합징수된 부담금을 매월 정산하여 기금에 납입해야 한다. 취약부문보호, 임금미지급예방 등의 목적으로 대통령령에 정해 부담금을 경감해주는 제도가 운용되고 있다. 국가는 매 회계연도 예산의 범위에서 ?임금채권보장법?에 따른 임금채권보장을 위한 사무집행에 드는 비용의 일부를 일반회계에서 부담하여야 한다(?임금채권보장법? 제5조).