보험가입자는 매 보험연도마다 1년간의 개산보험료를 계산하여 그 금액을 3월말(연도중에 사업을 개시한 경우에는 사업개시일로부터 70일 이내)까지 공단에 신고·납부하여야 한다. 개산보험료는 ‘1년간 지급될 임금총액추정액 × 해당사업보험료율’로 계산하며 해당사업보험료율은 고용노동부장관이 매년 결정·고시한다.
개산보험료는 분할납부(분기별 최대4번)할 수 있다. 분할납부할 수 있는 보험료를 납부기한 내에 전액을 납부하면 5%의 금액이 공제된다. 사업주가 개산보험료를 납부한 후 다음해에 확정보험료를 공단에 신고하면 반환, 추가납부 등 정산을 하게 된다.
확정보험료는 {(1년간 지급된 임금총액 + 지급하기로 결정한 임금액) × 보험료율 - 납부한 개산보험료}로 계산한다. 산재보험가입대상사업주가 가입신고를 하지 않거나 보험료의 신고·납부를 지연하면 보험료를 소급징수하고 가산금(확정보험료의 10%)과 연체금을 징수한다. 연체금은 체납된 금액의 1000분의 12이며, 연체금납부기한이 지난 후 매 1월이 경과할 때마다 체납된 금액의 1000분의 12에 해당하는 금액을 추가로 징수한다. 사업주가 보험가입신고 또는 사업개시신고를 태만히 한 기간 중에 발생한 재해에 대해 산재보험급여를 지급하는 경우에는 보험급여액의 전부 또는 일부를 보험가입자로부터 징수할 수 있다.